低未利用土地を売ったときに、長期譲渡所得から100万円を控除できる特例（低未利用土地等の100万円特別控除）があります。水戸市で空き地や使っていない土地を売る方にとって、確認書の手続きと売却前のチェックは欠かせません。この記事では、国土交通省の通知（令和8年4月2日最終改正）をもとに、要件と手続きの流れを整理します。
低未利用土地等の100万円控除とは
低未利用土地等を売ったとき、譲渡所得から100万円を控除できる特例です。適用期限は令和10年12月31日まで（2028年末）とされています。国土交通省の通知で確認できます。
注意したいのは、100万円は税額からそのまま差し引く金額ではなく、譲渡所得から控除する金額である点です。譲渡益が100万円に満たない場合は、その譲渡益の額まで控除されます。
対象となる売り方
主な確認ポイントは次のとおりです。
- 売る土地が都市計画区域内にあるか
- 売る年の1月1日時点で所有期間が5年を超えているか
- 売主が個人であるか（法人の売主は対象外）
- 売主と買主が特別な関係（親子・夫婦など）でないか
- 売却対価の合計（建物等の対価を含む）が、後述の上限以下か
他の譲渡所得の特例との併用には制限があります。また、前年・前々年に分筆に関する適用を受けている土地は、適用の可否を個別に確認する必要があります。すべての条件を満たすかどうかは、売却の前に一つずつ確認してください。
価格要件（500万円・800万円）の考え方
原則の上限は500万円以下です。市街化区域などでは800万円以下が対象になります。
水戸市は所有者不明土地対策計画を作成しており、その計画の区域（都市計画区域に限る）の譲渡は800万円以下が対象となります。「水戸市の全域で一律800万円」というわけではありません。対象の土地が都市計画区域内か、どの区域種別かによって判断します。迷う場合は、売却前に確認するのが安心です。
譲渡後の利用（条件別の例）
国土交通省の通知では、譲渡後の利用について次のように示されています。
- 譲渡後も低未利用のまま: 認められません
- 利用せずに転売する: 原則として譲渡後の利用とは認められません
- コインパーキング: 対象外です
- 立体駐車場: 認められます
- 宅地建物取引業者が空き家の中古住宅を取得し、一定の質向上リフォームを行った後に売却する場合: 譲渡後の利用として認めて差し支えないとされています
いずれの場合も、条件の確認が必要です。
水戸市の確認書の手続き
確認書は、確定申告に必要な書類の一つです。水戸市の案内に沿って、次の書類を準備します。
- 利用確認申請書
- 売買契約書の写し
- 譲渡前の利用確認に関する書類
- 譲渡後の利用確認に関する書類
- 登記事項証明書
現地写真は、用意できる場合に添付するものです。必ず必要とは限りません。申請から発行までには日数がかかることがあるため、売却のスケジュールに余裕を持って、早めに市へ確認してください。
確認書の発行と、税金の控除が確定することは別の話です。確認書が発行されても、確定申告書への添付と、他の要件を満たしていることが必要です。申請先の市役所と、確定申告先の税務署は異なるため、混同しないようご注意ください。
よくある質問
100万円控除はいつまで使えますか？
国土交通省の通知では、適用期限は令和10年12月31日までとされています。古い資料に2025年末の期限が載っている場合がありますが、現在の期限ではありません。
水戸市の確認書があれば、控除は受けられますか？
確認書は必要な書類の一つですが、確認書だけで控除が決まるものではありません。確定申告書への添付と、他の要件を満たすことが必要です。
売却価格の上限はいくらですか？
原則は500万円以下、市街化区域などは800万円以下です。水戸市の計画区域（都市計画区域に限る）では800万円以下が対象です。土地ごとに判断します。
売却後に駐車場として使うと対象になりますか？
コインパーキングは対象外、立体駐車場は認められます。
売る前に空き家を更地にすると、控除は使えますか？
更地化は、譲渡後の利用とは別の論点です。個別の判断になるため、この記事では断定しません。税額や適用の判断は、税務署か税理士にご確認ください。
売却前のチェック項目
- 売る土地が都市計画区域内か（区域種別を含む）
- 売る年の1月1日時点で所有期間が5年を超えているか
- 売主が個人で、買主と特別な関係でないか
- 売却対価（建物等を含む）が、対象区域の上限以下か
- 売却後の利用の予定（転売・コインパーキング・立体駐車場・買取再販）
- 分筆の有無と、過去の適用歴
- 市の確認書に必要な書類の準備
- 確定申告書への添付（確認書・計算明細書）
ハウスドゥ 県庁水戸にご相談ください
水戸市の申請書類や手続きの一次情報は、水戸市の公式ページで確認できます。
水戸市の土地や空き家の売却では、確認書の準備や売却の順番を、売る前の段階から整理することが大切です。ハウスドゥ 家・不動産買取専門店 県庁水戸では、物件の所在地・取得時期・売却額・買主の利用予定をお伺いしたうえで、確認すべき点をご案内しています。無料査定・ご相談はこちらからどうぞ。
税額や適用の最終判断は、税務署や税理士へのご確認もあわせてお勧めします。水戸市の空き家売却ガイドもあわせてご覧ください。
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